Különbségek azonban vannak. Egyrészt, más-más vírusok a felelősek a betegségek kialakulásáért. Az influenzát az influenzavírus okozza, melynek négy altípusa van. A legfertőzőbbnek, egyben legsúlyosabb tüneteket okozó A típusnak különböző, betűvel és számmal jelölt szerotípusai vannak. A nátháért ezzel szemben legalább 200 különböző vírus lehet a felelős, a leggyakrabban azonban az úgynevezett rhinovirus okozza a betegséget.

Az influenzára és a náthára általában ugyanazok, vagy legalábbis nagyon hasonló tünetek a jellemzők: tüsszögés, köhögés, torokfájás, orrfolyás, orrdugulás, fejfájás, gyengeség. Az egeszsegkalauz.hu cikke szerint az influenza azonban jóval súlyosabb tüneteket okoz, és sokkal nagyobb a komoly, esetenként halálos szövődmények rizikója is. Náthából 7-10 nap alatt felgyógyulhatunk, míg az influenza gyakran két hétig, vagy még tovább is elhúzódhat.

Az egyik legfőbb különbség, hogy az influenza gyakrabban jár magas, 38 fok feletti lázzal, és ez ráadásul több napon keresztül is tarthat. A náthára inkább a hőemelkedés a jellemző. Szintén jellemző különbség, hogy az influenzánál az emésztőrendszert érintő tünetek is lehetnek, elsősorban hányinger, hányás vagy hasmenés. Ezek a nátha esetében nagyon ritkák.

Hogy valaki influenzás-e vagy náthás, arra egyértelmű választ csak laboratóriumi körülmények között lehet adni, vagyis úgy, hogy „megkeresik”, mely vírus van jelen a szervezetben, melyik okozza a betegséget. A tünetek árulkodóak lehetnek ugyan, de könnyen előfordulhat, hogy valakinél egyik vagy másik tünet hiányzik, vagy erősebben, esetleg gyengébben jelentkezik.